В октябре 2004 года в состав города Красногорска добавили небольшой дачный посёлок Опалиха и маленькое село Ново-Никольско. Но это не все преобразования. На территории города Красногорск новый административный район, в который вошли посёлок Ткацкой фабрики, деревни Аникеевка, Анино и Гореносово.
Муниципальная реформа, проходившая в 2005 году в Московской области, образовала на территории города самостоятельное городское поселение. В его состав, не считая самого города, включили также деревню Ивановское и посёлок Гольево. Внесли в состав поселения ещё и прилегающие к посёлкам территории, и в целом его площадь составила 6635 га. Не вошли в черту города, но были присоединены к городскому поселению часть  территорий Мякининской поймы. 
В начале В2000-х годов из Москвы переехали областные правительственные учреждения. В связи с этим в СМИ время от времени появлялась информация, связанная с тем, что Красногорск может стать столицей всей Московской области. Но на ноябрь 2009 года областным центром всё ещё оставалась Москва. 
В средине сентября 2006 года на улице Центральная в Павшиной пойме произошёл взрыв канализационно-насосной станции. Этот   инцидента привёл к гибели трёх человек, а пострадали пятнадцать жителей. Восстановительные мероприятия длились около двух недель. Всё это время некоторые микрорайоны города и окрестных районов оставались без воды и канализации.
Генеральный план, по которому должен развиваться город до 2010 года был принят в 1995. В 2006 городские власти объявили, что данный план полностью выполнен и представили новые перспективы развития. Новый генплан нацелен на развитие города по основным магистралям. Также в плане предусмотрена массивная застройка пустых участков города высотными домами. Таким ходом планируют поднять численность населения до 176 тысяч человек. Увеличить территорию города планируют практически вдвое. Но этот план был не принят и в начале 2011 года представлен на обсуждение общественности совершенно новый документ.
В городе произошёл ряд изменений после распада СССР , как в территориальном, так и в социальном аспекте.